Godina e Muzeut Kombëtar të Pavarësisë është ndërtuar në mesin e shek XIX rreth 180 vjet më parë.  Është godinë dy katëshe në formë katërkëndëshi të thjeshtë.  Objekti përmban edhe një ballkon me pamje nga deti, i cili mbështetet në dy kollona me seksion rrethor që i japin një pamje dinjitoze Godinës, e cila është e ndertuar me material druri dhe guri. Ka 7 pavione (dhoma) dhe 2 holle.

Para vitit 1912, ka shërbyer si karantinë e Doganës. Në vitin 1912 ka shërbyer si Godinë e Qeverisë Provizore të Vlorës, ku kanë qenë zyrat e Kryetarit te Qeverisë, Këshillit te Ministrave, Sekretarëve deri në 22 Janar të vitit 1914.

Pas vitit 1924 kur misioni arkeologjik francez i drejtuar nga Leon Rey bëri zbulime mjaft interesante në Apoloni, lindi si nevojë jetike ekspozimi i objekteve në një muze, ide e cila u mbështet fuqishëm dhe u realizua me ndihmën e Kryetarit te Bashkisë të qytetit të Vlorës Ali Asllani, duke çelur në 8 tetor 1936 në këtë Godinë, Muzeun Arkeologjik Historik “Zog i Parë, në të cilin asistuan edhe përfaqësues të Qeverisë Shqipëtare të asaj periudhe dhe diplomatë të huaj. Gjatë Luftës së II Botërore, u grabit dhe u dëmtua nga pushtuesit.

 Në vitin 1962 shpallet Muze i Pavaresise dhe Monument Kulture.  Janë bërë disa ndërhyrje për t’i dhënë vërtetësinë historike dhe i është kushtuar një vëmendje e veçantë mirëmbajtjes së tij sidomos në vitet 2001-2002.

Në vitin 2006 me vendim të Këshillit të Ministrave Nr. 293 datë 17/05/2006, shpallet “Muze Kombëtar i Pavarësisë” dhe ndryshim i përgjegjësisë së administrimit te tij, nga Bashkia e Vlorës dhe Qendrës Kulturore Vlorë,  në Ministrinë e Turizmit, Kulturës Rinisë dhe Sporteve. Kurse sot është nën administrimin dhe varësinë e Ministrisë së Ekonomisë, Kulturës dhe Inovacionit.